ЭМШУ-ны төв номын сангийн цогцолбор нь АШУҮИС-ийн Зүүн кампусд байрладаг ба  2991,5 м² талбайтай 480 суудалтай 3 давхар барилгатай. Анагаах ухааны сургууль, Монгол анагаах ухааны олон улсын сургуулийн оюутнууд, Монгол япон сургалтын эмнэлгийн эмч, эмнэлгийн мэргэжилтэн, резидентүүдэд үйлчилдэг тул ном сурах бичгийн фонд нь эмнэл зүйн мэргэжлийн ном сурах бичгээс голчлон бүрддэг.  Шинэ цогцолбор нь орчин үеийн шийдэл бүхий нээлттэй уншлагын танхим, бүрэн цахимжсан хамгаалалтын системтэй. Мөн оюутнуудын эрдэм шинжилгээ, судалгааны ажилд зориулсан хурлын танхим, цахим уншлагын танхим, бүлгээр ажиллах өрөө,  чөлөөт цагт зориулсан мультмедиа студи, амралтын өрөө зэргийг бүрэн шийдсэн.